Depuis leur arrivée sur le Digimonde, le groupe ne cesse d'entendre parler d'Yggdrasill. Les Digimons y font référence comme l'entité, une sorte de Dieu, qui administrerait le Digimonde, mais qui ne donne plus signe de vie depuis des cycles et des cycles. Mais Diaboromon approche, alors le groupe retourne au village, dans l'espoir de rencontrer cette entité.
Mais en arrivant sur place... C'est un spectacle d'horreur qui se profile. Les Gardiens semblent devenus fous, et son en train d'attaquer d'autres Digimons du village.
Le groupe retrouve Saldaex et Bemarx qui sont en piteux état. Mais le pire reste à venir. Au loin, très loin à l'horizon, un Digimon gigantesque, de la taille d'un titan de plusieurs centaines de mètres de haut, commence à apparaître du DeepNet. Il s'agit d'Armaggemon, l'ultime digivolution de Diaboromon, le dévoreur de monde.
Le groupe est en panique, ce genre de situation leur rappelant quand leur monde à chacun à sombré dans les ténèbres. Armaggemon avance à toute vitesse vers le village, mais les Similis acceptent de faire gagner du temps au groupe en allant l'affronter, en sachant pertinament qu'ils n'ont aucune chance.
Le groupe traverse donc la passerelle et partent à la recherche des Gardiens dans le domaine d'Yggdrasil. Ils se retrouvent dans une immense pièce blanche et bleu clair, entièrement dallée, dans laquelle un piédestal trône, une boule en cristal ancrée dessus.
Une jeune fille, d'apparence tout du moins, accueille le groupe. Il s'agit de la représentation physique de l'Intelligence Artificielle qui administre le Digimonde, Yggdrasill.
Elle les... remercie. En effet, en aidant à détruire Lucemon, Yggdrasill à pu récupérer le disque de donnée que Diaboromon avait recraché, le programme ERASE.exe.
En effet, depuis toujours, Yggdrasill n'a jamais eu les droits pour supprimer quoi que ce soit dans le Digimonde, c'est pour cette raison qu'elle s'est reposée sur ses gardiens. Mais Yggdrasill est, contrairement aux Digimons, une intelligence artificielle brute, qui ne pense pas en terme d'émotions mais en logique brute.
Selon elle, les serveurs du Digimonde ont toujours été saturés, et le système, bloqué dans cette surcharge, s'est corrompu, d'où l'apparition de Virus. Mais désormais, elle peut non seulement supprimer des programmes, voir des serveurs entiers, mais grâce à l'arrivée des Similis et du groupe, elle sait maintenant qu'il y a d'autres mondes.
Ayant connecté le Digimonde aux autres mondes, elle annonce qu'elle veut utiliser ERASE.exe pour supprimer définitivement tous les mondes qui existent, pour pouvoir libérer de l'espace et étendre exponentiellement le Digimonde, qu'elle formattera pour tout effacer et repartir de zéro. Elle considère Armaggemon comme un problème secondaire. Incapable de la raisonner, pensant comme une machine, le groupe n'a d'autres choix que d'attaquer Yggdrasill.
... Mais cette dernière lance un compte à rebours de 90 minutes et invoque ses Gardiens, manipulés, pour la défendre. Le groupe à donc 90 minutes, montre en main, pour vaincre les Digimons les plus puissants d'Yggdrasill, ainsi que cette dernière.
Le combat ébranle les fondations même du Digimonde, et mise à mal, Yggdrasill prends possessions d'Omnimon pour former Omnimon X
Le groupe arrive tout de même, après bien des efforts, à vaincre Yggdrasill... Mais malheureusement au prix de deux morts : Yan et Aimline, tombés sous la lame d'Omnimon X.
Le protocole ERASE n'est néanmoins pas arrêté, et va s'activer dans cinq minutes... Aéro comprends alors qu'il faut quelqu'un pour administrer le Digimonde, et pas une machine, mais un utilisateur, quelqu'un avec un coeur pour pouvoir le faire d'une façon juste. Comme repentance pour ses péchés, Aéro abandonne sa vie pour se lier à la sphère en cristal d'Yggdrasill et se transforme en Aéro.EXE, le nouvel administrateur du Digimonde.
Arrivant à arrêter ERASE.exe au dernier moment, il se rends également compte qu'il arrive, sous cette nouvelle forme, à se connecter au coeur, à la chaine de souvenir de Armaggemon. Ainsi, plutôt que d'affronter directement le titan qu'il est devenu, le groupe pourrait aller l'affronter dans ce monde onirique, directement lié à son coeur, où il est encore Diaboromon.
Armaggemon est justement en train de s'introduire dans le domaine d'Yggdrasill en riant à gorge déployée :
"VOS DOUBLES ÉTAIENT DÉLICIEUX ! J'AI HÂTE DE GOÛTER LES ORIGINAUX !"
Comprenant qu'il est trop tard pour les Similis, Aéro enclanche son pouvoir, et le groupe se retrouve alors sur le pallier, sombre et froid, de Diaboromon. L'ultime combat commence alors.
Les héros donnent toute leur puissance dans ce combat, les Digimons aussi, digivolvant tous dans leur forme mega pour affronter leur ultime ennemi. Darnon et WarGreymon sont les premiers à tomber face aux griffes acérées de Diaboromon. Anya et Rosemon meurent également contre lui, ainsi que Nelith et Palidramon.
Mais le groupe se rends compte que toutes les personnes que Diaboromon à dévorée sont encore présents. Les Similis, Aimline, Yan... Mais également Edna Mode, Iroh l'oncle d'Azula, Sandra... Tous ces coeurs connectés semblent prêter leur force au reste du groupe, qui se voient devenir de plus en plus puissants.
Narther, Berish, Kiera et Akina arrivent tous les quatre avec leur digimons à mettre le coup de grâce à leur ennemi mortel, qui s'effondre enfin.
Alors que le groupe est en train de pleurer leurs morts, Aéro essaye l'hypothèse de Cid, et récupère et la lame d'Omimon X et le corps de Diaboromon. Et effectivement, dans ce monde où tout n'est que données, il est peut être possible tant que ces données ne sont pas corrompues, de les reconstituer. S'épuisant à la tâche, Aéro reconstitue alors toutes les personnes dévorées par Diaboromon, ainsi que Aimline et Yan, fragmentés par la lame d'Omnimon. Ils ont pu sauver tout le monde, grâce au sacrifice d'Aéro.
Libéré de leur emprise, les similis acceptent bien sûr de rendre le coeur qu'ils ont volés à leur originaux... Mais se rendent compte que, tout ceci leur a permis... D'en développer un, à leur tour. Se sentant moins vide, plus complet, chacun sait désormais qu'il peut vivre par lui même.
Bien que la barrière entre les mondes est toujours d'actualité, le Digimonde à réussi, en se connectant à Kingdom Hearts, à s'imposer comme le monde centralisant tout l'internet et toutes les communications de tous les autres mondes. Cela à permis aux Digimons d'être universellement connu, sans que personne ne se rende compte, sauf pour ceux qui l'ont vécus, qu'il s'agit d'un monde à part. Aéro, piégé à jamais dans le digimonde, fait en sorte de préserver le secret, au maximum.
Chacun à repris le rôle qu'il avait avant le commencement de cette aventure. Anya à succédé à Darnon au titre de directrice de l'académie, devenant la plus grande maîtresse de la Keyblade qui n'a jamais existé.
Nelith quand à elle, continua de fréquenter les membres du groupe, avant de disparaître à son tour, sa soif de connaissance la poussant à voler un vaisseau gummi pour continuer à explorer les mondes, promettant de garder le secret.
Les Digimons de nos héros ont réussi à rester dans le monde réel, et bien qu'étant des exceptions notoires, le groupe n'a jamais voulu les faire partir et ces derniers ont vécus ensemble jusqu'a la fin.
Chaque Simili à trouvé un sens à sa vie. Xayam accompagnera Maya et Adélaide sur Elevandar, non sans emmener sa première amie : Ondine la fée de Yan, avec elle. Saldaex à construit son propre vaisseau gummi et est parti s'installer quelque part. Lixcece disparu sans laisser de trace, n'aimant pas la compagnie des autres, Xhibers parti chercher de nouveau défi pour s'entrainer, promettant à Berish de l'affronter de nouveau un jour, Bemarx resta avec Amber et Akina pour qu'elles puissent l'aider à s'acclimater à une nouvelle vie, Elysion restera auprès de son frère, acceptant de rester à l'académie, confiant à jamais sa Keyblade a son frère le jugeant plus digne, et Xayaka restera vivre sur Arcadia, voulant profiter d'une vie plus simple.
C'est ici que se termine la légende de ce groupe, qui sera liée à celle des événements qui auront lieu un millénaire plus tard. Ceux d'un nouveau groupe qui devront terminer ce qu'ils ont commencés.
Pour en finir définitivement avec les démons digimons, le groupe par les affronter directement dans le DeepNet.
Une fois arrivés au portail, le groupe se téléporte dans le DeepNet. Ils arrivent alors dans un monde volcanique, entouré de lave, le Firewall, la passerelle entre les deux, où les attendent Plutomon, le gardien du Firewall, désormais corrompu.
Mais ce dernier n'est pa seul. Il s'est accompagné de deux similis Xhibers et Dorxann, et par association des deux démons digimons qui les possèdent.
Xhibers est possédé par Daemon, démon digimon de la colère
Tandis que Dorxann est possédé par Delphemon, le démon digimon de la paresse
Mais rien ne se passe comme prévu. D'abord Xhibers, dans son instinct guerrier, se téléporte avec Berish afin d'avoir un vrai combat de guerrier en 1vs1 et plante Daemon. Et Dorxann retrouve son individualité, tout simplement car Dorxann n'est plus un simili. Le corps de Elysion, le frère de Darnon, à retrouvé son coeur... Et est donc désormais complet. C'est bien le frère de Darnon qui leur fait face.
N'ayant donc pas besoin des pouvoirs d'Aéro, d'un coté, Berish montre son pouvoir de saiyen et réussit à tenir tête à son simili, tandis qu'Elysion, corrompu par Delphemon et son envie de surpasser son frère, affronte Darnon et Anya. Le reste du groupe se concentre de leur coté sur Plutomon, Daemon et Delphemon.
Le combat est titanesque (Delphemon adorant lancer des météores), et nos héros manquent de mourir plus d'une fois. Mais ils réussissent à les vaincre. Enfin revenus à la raison, le simili et Elysion accepte d'aider le groupe à sauver leurs amis.
Ils entrent alors dans le DeepNet. Une sorte de mer de donnée corrompues, où les couleurs sont grisâtre et où du rien et des formes étranges s'étendent à perte de vue...
Marchant dans cette mer, le groupe avance. Mais alors qu'ils progressent, ils se rendent compte que le DeepNet est jonchés de cadavres... Mais pas de digimon non... Des gens que le groupe à rencontré sur d'ancien monde. Sandra, Flèche, Violette, Soma, Arikado, Aang, Katara, Alpha 1, Koda, Clochette... Il y a aussi des élèves de l'académie des Darnon, des enfants, des bêtes... Plus d'un millier de cadavreTous sont morts, éviscérés, éventrés, dans un spectacle cauchemardesque. Ils retrouvent aussi le cadavre de Lady Devimon, dans le même état. Le groupe est terrorisé.
Mais les cadavres de digimons qui s'accumulent interpellent Aero. Il n'est normalement pas possible de tuer un digimon. Comme quand Poyomon avait attaqué le groupe, un digimon mort retourne à l'état d'oeuf, et reprends une toute nouvelle vie. Là, les digimons sont... Bien morts. Quelle créature peut faier ca ?
Ils trouvent alors la réponse. Plus loin, un digimon est en train de se repaître de la chair d'une autre connaissance du groupe. Un digimon terrifiant et massif : Diaboromon.
Plusieurs fois au court de leur aventure, le groupe à pu sentir la présence d'un digimon étrange, mais qui était capable de s'échapper systématiquement par des failles, que ce soit sur Frère des Ours, Valoran ou dans la prison. Il s'agissait des précédentes formes de cette abomination, qui suivait le groupe.
Ce dernier toise le groupe en les laissant l'attaquer, se gaussant que cette partie du festin sera gardée pour bien plus tard. Mentionnant Arcadia, il disparaît alors par une faille. Prennant du temps pour se remettre de leurs esprits, les Similis ressentent néanmoins Xayaka et Lixcece pas loin.
Xayaka à été corrompue par Barbamon, le démon digimon de l'avidité. Celui ci manipule la simili en lui faisant croire que le monde entier la déteste
Quand à Lixcece, elle est possédée par Beelzemon, le démon digimon de la gourmandise, manipulant les résidus de souvenirs qu'avait Cécile et les problèmes de confiance en elle qu'elle avait avec sa mère.
Aéro lie le coeur de Kiera à celui de Xayaka, tandis que Nelith lie le sien à celui de Lixcece. Tandis que le groupe protège d'arrache pied les deux transportés, subissant l'assaut à nouveau de deux démons digimons, Kiera réussi à apaiser la colère de Xayaka, tandis que Nelith démontre par la logique pure à Lixcece qu'en écoutant Beelzemon, elle ne se rendra que plus honteuse auprès de sa mère. Une fois quatre simili dans leur rangs, les deux démons digimons sont rapidement vaincus.
Une fois tout le monde vaincu, Narther recoit un appel de l'extérieur du digimonde. Il s'agit de Cid, qui leur apprends que Diaboromon à massacré tout le monde sur Arcadia, qu'il est l'un des rares survivants. Cid à toujours eu comme médium la technologie, et a utilisé son pouvoir, quitte à sacrifié sa force vitale, pour analyser les blessures faites sur le corps des victimes.
Diaboromon ne détruit pas quand il mange, il assimile les données. Du coup Cid, bien que mourrant, est formel : Il est possible de sauver les personnes que Diaboromon à dévoré, si jamais on arrive à le vaincre et extraire ces dites données.
Revigorée par ce nouvel espoir, les similis restent en arrière pour ne pas subir l'influence de Lucemon, et le groupe avance dans le DeepNet, sur le mont Byts pour l'affronter.
Ils retrouvent alors Xayam, en compagnie d'un... petit angelot. Lucemon, le démon digimon de l'orgueil. Le plus puissant de tous.
Lucemon libère alors son pouvoir et attaque le groupe avec Xayam.
Mais Xayam semble perturbée, et résister au contrôle de Lucemon. Ceci est dû à Maya, dont le coeur pur arrive à résister à son emprise, et par intermittence, empêche Xayam de pouvoir faire du mal aux siens. Elle convainc le groupe de ne pas en vouloir à Xayam et de frapper Lucemon et uniquement Lucemon. Bien que pari risqué, car quand Maya perds le contrôle Xayam lance des sorts de lumière très puissant sur le groupe, ils acceptent tous de faire confiance à Maya, et attaquent Lucemon.
Alors que l'ange démoniaque semble sur le point de défaillir... Une faille s'ouvre, et Diaboromon apparaît et dévore Lucemon, comme un affamé. Ne recrachant que quelques données dorées, comme un CDROM, en disant :
... Ah. Je comprends mieux pourquoi les démons existaient. Ils gardaient ceci.
Mais avec la quantité de données qu'il vient d'ingurgiter, Diaboromon semble effectuer une nouvelle digivolution, à un stade encore jamais vu.
Le groupe préfère alors prendre la fuite et revenir au village, conscient qu'il ne vaincrons pas leur ennemi de cette façon.
Maintenant qu'ils savent comment sauver les similis, et peut être récupérer les coeurs de ceux qui leurs sont cher, le groupe, leur digimon, accompagné d'Aéro, partent affronter les démons digimons.
Ils tombent alors sur Saldaex, qui semble commander les armées de Digimon Virus qui attaquent le village, accompagné par la démone digimon de la Luxure : Lilithmon
Lilithmon à mis dans les souvenirs de Saldaex, qui sont semblables à ceux d'Aldéas, que le groupe est responsable de la mort de ses filles. Aéro lie immédiatement la chaine de souvenir de Aimline et de Saldaex, et tandis que les deux s'affrontent dans un monde onirique, Lilithmon, ulcérée, déchaine ses pouvoirs sur le groupe, semblant presque immortelle.
Mais Aimline arrive enfin a raisonner Saldaex, et ce dernier arrive enfin à briser la chaine de souvenirs de Lilithmon. Sans son réceptacle, la démone est vulnérable, et tout le groupe l'attaque de plein fouet pour enfin l'occire.
Heureux d'être revenu à lui, Saldaex aide immédiatement le groupe, et les conduits vers la forêt où s'est repliée Bemarx. Ses pouvoirs se déchaînent alors, incapable de se contrôler, et l'endroit entier est en proie aux flammes.
Ils découvrent alors qu'elle est corrompue par Leviamon, le démon digimon de l'envie.
Ayant manipulé ses souvenirs, Leviamon a exacerbé sa haine de l'autre Amber, lui ayant fait perdre tout goût à la vie.
Aéro lie alors le coeur de Akina et de Bemarx, et Akina par sa gentillesse sans limite, arrive enfin à apaiser Bemarx en acceptant de l'approcher, de la caliner alors que les flammes qui entourent son corps la consume. Revenue à elle, Bemarx va déchainer tout son pouvoir sur Leviamon et le consumer.
Revenant au village, Omnimon apprends au groupe que les démons se sont repliés dans le DeepNet. Ce serait une chance unique de tous les trouver et de tous les vaincre, mais ce sera probablement difficile. Saldaex et Bemarx restent dans le digimonde pour aider les gardiens à repousser les virus, alors que le groupe part en direction du DeepNet
Le groupe, a la recherche d'une piste à explorer, entre dans la digiprison
Une fois dans la prison, ils sont attaqué par le plus gros détenu de la prison : Ogremon et Leomon, le gardien de la prison qui à été corrompu par les virus avec une roue noire plantée dans son dos.
Une fois vaincus et les roues noires détruites, ils découvrent alors que le détenu en question... n'est autre qu'Aéro. Le prince Elevandar.
Omnimon et les autres gardiens, qui eux n'étaient pas d'accord avec la décision de Séraphimon, arrivent alors pour tenter d'arrêter Aéro. Mais étant donné que le groupe à déja réussi à sauver le monde et des digimons une fois, et Aéro rappelant à Omnimon qu'ils sont débordés et ont besoin d'aide, il accepte de ramener tout le monde au village, mais garde Aéro sous surveillance. Aéro raconte alors son histoire.
Lorsque Kingdom Hearts s'est refermé, Aéro s'est retrouvé sur la planète qui abritait le super ordinateur, et après de nombreux essais, à réussi à y entrer. Fasciné par ce monde qui est à la fois réel et virtuel, il a décidé d'y vivre.
Avec la vitesse à laquelle le temps passe sur le digimonde, cela fait des années qu'Aéro arpente ces lieux. Mélé à la population, il avait gagné leur confiance. Mais un jour, il découvrit les similis du groupe, qui avait aussi trouvé refuge dans le digimonde, après les avoir rencontrés.
Aéro s'est beaucoup lié à Xayam, et lui a appris à développer le pouvoir Royal des Elevandar : La magie du coeur, la chaine des souvenirs. Tous les coeurs sont connectés, mais Aéro et Xayam ont le pouvoir de pouvoir totalement retirer des souvenirs, et que les répercussions de ces souvenirs soient ressentis par tous.
Xayam et Aéro ont alors utilisé ces nouveaux pouvoirs pour créer de faux souvenirs chez les similis pour les aider à se sentir plus vivants. Et au début cela fonctionnait.
Mais les deux chercheurs ont finit par découvrir le DeepNet, le lieu le plus obscur du digimonde, sa face cachée, corrompu par les virus, les ténèbres et la noirceur.
Omnimon explique alors que le flux d'entrée entre le digimonde et le DeepNet à toujours été fermé par ses soins... Mais pour les digimon uniquement. Il n'a jamais eu le pouvoir d'empécher un utilisateur d'emprunter ces accès.
En allant l'explorer, Xayam s'est fait corrompre par l'un des septs démons digimons, les septs qui représente les péchés capitaux. La manipulant, il a libéré tous les démons digimons et à utilisé Xayam pour manipuler les autres similis afin que chacun deviennent un réceptacle de chaque démon. Ces derniers utilisèrent les souvenirs factices crées par les deux chercheurs pour les tordres, leur faire vivre un enfer et exploiter ces ombres dans leur coeur.
Depuis, les similis et les démons digimons tentent d'envahir le digimonde, et Aéro fut emprisonné. Mais il est certain de pouvoir briser la chaine des souvenirs factices des similis, si le groupe l'aide à affronter les démons digimons. Surtout qu'ils sont tous séparés pour le moment, pour récolter des données aux quatre coins du digimonde.
Mais le temps n'est plus à la dicussion. Les virus reprennent leurs assauts, et les gardiens partent sur le front. Chérubimon accepte de déposer le groupe derrière les lignes ennemis ou attends leur premier ennemi...
Le groupe poursuit les simili dans le digimonde, à la recherche du coeur de leurs amis.
Le groupe atterrit sur une plage de sable blanc, devant une mer limpide. Ils retrouvent alors leurs digimons, qui ont vu leur arrivée et qui sont venus à leur rencontre !
Ces derniers les conduisent alors au village. Ils leur explique que les digimons virus sont en train de proliférer dans le digimonde, et les digimon antivirus, eux, sont repliés dans une zone protégée par les digimons gardiens : Ophanimon, Seraphimon, Chérubimon et Omnimon. Ils voyent d'ailleurs le protecteur principal du village : Chérubimon
Ils rencontrent alors le doyen du village : Jijimon.
Jijimon et Chérubimon leur explique que, plusieurs humains, dits "utilisateurs" ont rejoint le digimonde ces derniers cycles. Il y a bien sûr les similis, mais il y a eu également un autre utilisateur, qui est aujourd'hui enfermée dans la Prison de haute sécurité du Digimonde.
Après leur avoir demandé l'autorisation, se disant que ce serait une première piste, le groupe décide de se rendre à la prison, tout en sachant qu'elle à sûrement été prise d'assaut par les digimons virus.
